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doreal_4Nests.sh

Table of contents

背景

  • 執行REAL所需要的時間雖然不是很多，但是對12個月、共144個執行批次置換名單（namelist.input）的起訖日期，還真是一個繁瑣、容易出錯的工程。
  • 雖然可以先行產生，只修改年度。然而不同年度因著閏年、3月之後每個批次將不會一樣，因此還是需要就年度逐一產生，比較不易出錯。
  • 對於任意起訖時間的執行批次，也可經由邏輯性的置換作業，得到需要的名單。

REAL 之全月執行方案

各月份12個批次met_em之預備

  • 詳見WPS之運作。

各月份12個批次wrfsfdda, OBS_DOMAIN, wrfsfdda之預備

namelist.input模版

  • 因為每批次、每層網格的namelist.oa都有所不同，必須按照規則進行修改，此處以複製模版、局部置換的方式辦理。
  • 置換的方式採用linux sed指令
  • 模版詳見namelist.input說明

doreal_4Nests.sh的執行

  • 開啟12個月份的專屬目錄（YYYY01~YYYY12），其下再開啟12個批次run1~run12,共144個批次同時進行。
  • 每批次工作目錄執行：doreal_4Nests.sh
y=2019
for m in 0{1..9} {10..12};do
  dir=/Users/WRF4.3/${y}$m
  mkdir -p $dir
  cd $dir
  sub doreal_4Nests.sh
done

doreal_4Nests.sh分段說明

  • 定義工作及輸入檔路徑
       1	#!/usr/local/bin/bash
   2	PATH1=/Users/WRF4.3
   3	PATH2=/Users/WRF4.3/OBSGRID
  • 由所在目錄中讀取年月資訊、設定run1的起始日期（前月的15日）
       4	# working directory path name contains YYYYMM in the fourth section
   5	ym=`echo $PWD|cut -d'/' -f4|cut -c3-6`
   6	begd=$(date -v-1m -j -f "%Y%m%d" "20${ym}15" +%Y%m%d)
  • 每一批次逐一進行
    • 計算批次的起訖日期
      • 每批次起始日差4天，使用bc進行計算"4*($j-1)"|bc -l。
      • 每批次執行5天(1天重疊)
    • 創建批次工作目錄
    • 連結執行real.exe, wrf.exe等所需的執行檔、參數條件檔案（$PATH1/run/*）
    • 下到批次目錄、連結OBSGRID對應結果
       7	for j in {1..12};do
 8	  dd=`echo "4*($j-1)"|bc -l`
 9	  ymd1=$(date -v+${dd}d -j -f "%Y%m%d" "${begd}" +%Y%m%d)
10	  ymd2=$(date -v+5d     -j -f "%Y%m%d" "${ymd1}" +%Y%m%d)
11	  yea1=`echo $ymd1|cut -c1-2`;mon1=`echo $ymd1|cut -c3-4`;day1=`echo $ymd1|cut -c5-6`
12	  yea2=`echo $ymd2|cut -c1-2`;mon2=`echo $ymd2|cut -c3-4`;day2=`echo $ymd2|cut -c5-6`
13	  mkdir -p $PATH1/20$ym/run$j
14	  ln $PATH1/run/* $PATH1/20$ym/run$j
15	  cd $PATH1/20$ym/run$j
16	  ln -sf $PATH2/20$ym/run$j/metoa_em* .
17	  ln -sf $PATH2/20$ym/run$j/wrfsfdda* .
18	  for d in {1..4};do #domain
19	    ln -sf $PATH2/20$ym/run$j/OBS_DOMAIN$d"01p" OBS_DOMAIN$d"01"
20	  done
  • 複製namelist.input.loop模版、使用sed指令置換起訖日期
    • 一般sed指令使用-i(Edit files in-place)選項即可，macOS需要用-ie(editing commands)
      21	  cp -f $PATH1/20$ym/namelist.input.loop namelist.input
22	  for cmd in "s/SYEA/20$yea1/g" "s/SMON/$mon1/g" "s/SDAY/$day1/g" "s/SHOU/00/g"\
23	    "s/EYEA/20$yea2/g" "s/EMON/$mon2/g" "s/EDAY/$day2/g" "s/EHOU/00/g";do
24	    sed -ie $cmd namelist.input
25	  done
  • 使用nohup將real.exe放在背景執行。
    26	  nohup ./real.exe&
    27	done

用tmux 取代nohup

  • 由於nohup的年代有點久遠，現在大多的OS提供了tmux來取代nohup，zsh甚至不主動提供nohup.
  • 此處的nohup將會變成…
    #!/bin/bash
tmux new-session -d -s run${j}${d} './real.exe'
  • 使用tmux ls指令，可以看到tmux正在運作(假設j=6;d=1)
    kuang@114-32-164-198 /Users/WRF4.3/201804/run6
$ tmux ls
run6d1: 1 windows (created Mon Nov 29 21:15:09 2021)
$ ps
PID TTY           TIME CMD
74431 ttys000    0:00.29 -bash
98383 ttys001    0:00.05 -bash
 2488 ttys002    0:00.17 ./real.exe
  • 簡單的tmux6個基本指令亦可參考tumx@FAQ

下載doreal_4Nests.sh

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Reference

  • akuox, linux date 指令用法@ 老人最愛碎碎念:: 隨意窩Xuite日誌, Xuite, 2009-04-06
  • Terry Lin, Linux 指令SED 用法教學、取代範例、詳解, terryl.in, 2021-02-11
  • weikaiwei, Linux教學：cat指令, weikaiwei.com, 2021
  • G. T. Wang, Linux 計算機bc 指令用法教學與範例, gtwang, 2018/08/23
  • G. T. Wang, Linux 的nohup 指令使用教學與範例，登出不中斷程式執行, gtwang, 2017/09/12
  • Nick, How to write a shell script that starts tmux session, and then runs a ruby script, stackoverflow, 2016,Sep 14.
  • G. T. Wang, Linux tmux 終端機管理工具使用教學, gtwang, 2019/12/04