bpipprim

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背景
輸入
輸出
- grep的問題
- 執行結果檔案連結(範例)

背景

bpip的CGI作業相對單純很多。
- 複雜的是讀圖與量測前處理過程，詳bpip設定與執行步驟實例示範。
- 監看程式
  - 如有錯誤，會直接寫在fort.12、fort.14，build.txt內容也會是空白
  - 如無錯誤，程式計算很快，不需要(無從)監看。
CaaS整體的架構、檔案與結果範圍詳見BPIPPRM之遠端計算服務範例。
此處著重說明bpipprim.py(CGI-PY)的程式設計細節。
程式更新需求：因USEPA不再發展BPIP，轉到PRIME2之應用，因此預期將不會需要更新。

輸入

程式可以接受貼上字串與檔案上傳2種輸入方式，以方便測試階段，減少上下載、重新命名與檔案管理的麻煩。
- 如果是給定檔名，在BPIP.INP空格處要留空白(重新整理網頁)，讓STR的長度為0。
- BPIP程式並不會讀取檔案名稱，寫出結果檔名也是固定名稱，因此使用者需要自行管理檔案(或目錄)。

form = cgi.FieldStorage()
STR = str(form.getvalue("iscinp"))
os.system('echo "'+STR+'"'+OUT)
if len(STR)<=4: #in case of input a SO/RE file
  fileitem = form['filename']
  if fileitem.filename:
    fn = os.path.basename(fileitem.filename)
    open(pth+fn, 'wb').write(fileitem.file.read())
else:	
    fn='fort.10'
    with open(pth+fn,'w') as ftext:
      ftext.write(STR)

輸出

grep的問題

除了BPIPPRIM正常輸出的檔案之外，此處又以grep取出路徑為SO的所有內容，另存新檔，所以grep如為alias有內設顏色，將會出錯，必須取消顏色設定。

...
GREP='/usr/bin/grep --color=never'
...
cmd ='cd '+pth+';'
cmd+= BPIP+NULL+';'
cmd+= GREP+" ' SO ' fort.12 >build.txt"
os.system(cmd)

執行結果檔案連結(範例)

每次執行的檔名皆相同，使用者自行下載管理。

filename given and save as: fort.10

BPIPPRIN_results: The download process should start shortly. If it doesn't, click:

build.txt fort.12 fort.14